【綜合企劃科】
掌理環境影響評估、環境教育宣導、淨零綠生活推廣、資訊管理、環保志工統籌、公害糾紛處理、向海致敬-海岸環境清潔及其它綜合性業務事項。
【空氣污染防治科】
掌理空氣污染防制、噪音與振動之管制、光害及其它有關事項。
【水污染防治科】
掌理水污染、土壤及地下水污染之整治、海洋污染防治、水質管理、飲用水衛生管理及其它有關事項。
【廢棄物管理科】
掌理廢棄物管理規劃、資源回收管理、垃圾清運、焚化廠、掩埋場管理及其它有關事項。
【
低碳環境發展科】
綜理低碳家園業務、推廣應用綠色能源、環保國際資訊彙整及應用及其它相關業務事項。 【環境衛生科】
掌理環境衛生管理、清潔隊員管理、防災、毒性化學物質管理、環境用藥管理及其它有關事項。
【稽查科】
掌理違反環保法規案件之稽查、處分事項。
【行政科】
掌理文書、印信、議事、公共關係、研考、法制、採購、財產管理及事務管理事項。
【
人事室】
掌理組織編制、職員任免遷調、考核訓練、退休、資遣、撫卹、福利待遇及公保等事項。
【
會計室】
年度預(決)算之編列、各項經費收支審核、會計帳目之登記及清結、統計報表之會核及辦理政府採購法之監辦工作。【
政風室】
辦理政風法令擬訂宣導、公務機密維護、員工貪瀆不法預防、發掘及處理檢舉政風業務等事項。