屏東縣環保業務原由衛生局第二課辦理，嗣因民眾環保意識提高及各種環境公害糾紛層出不窮，依台灣省各縣市環境保護組織規程於七十七年十一月一日設立環保局。成立當初僅有五人，陸續遞補至編制員額二十三人。

　為因應環保業務質量大增，於八十六年一月依相關規定訂定「屏東縣環境保護局組織規程」及修正環保局組織編制員額，並奉考試院八十六年四月廿四日考銓法四字第一四四五三八七號函，修正編制員額至六十二人，八十九年依據屏東縣政府令八九屏府秘法字第一七一八O九號函，訂定「屏東縣環境保護局組織規程」，修編業務單位為綜合企劃課、空氣水質保護課、廢棄物管理課、環境檢驗課、稽查課。又於九十五年依據屏東縣政府令九五屏府行法字第O九五O一二O一O六號函修正「屏東縣環境保護局組織規程」，修編業務單位為綜合企劃課、空氣污染防治課、水污染防治課、廢棄物管理課、環境衛生課、環境檢驗課、稽查課。

歷任局長：
林存德：七十七年十一月一日起至八十二年六月八日止。
連錫添：八十二年六月八日起至八十六年一月十六日止。
徐和成：八十六年一月十六日起至九十六年二月二十八日止。

現任局長：
林雅文：九十六年三月一日起迄今。